Pernia rozpoczynal swoja kariere w klubie argentynskiej Primera Division San Lorenzo, jednak tam nie zagral ani jednego meczu w pierwszej lidze i przeniosl się do Independiente. Tam wystepowal regularnie, zdobyl dla klubu 2 gole w 46 ligowych meczach i w 2003 wyjechal do Hiszpanii do klubu Segunda Division Recreativo Huelva. W zespole tym wystęepowal rok (59 meczów i 3 gole) i przeniosl się do beniaminka Primera Divisióon Getafe CF. Tam stal się czolowym zawodnikiem zespolu, dla ktorego, w przeciagu dwoch sezonow w La Liga zdobyl 13 bramek w 71 meczach. Latem 2006 podpisal kontrakt z Atletico Madryt.

Mimo iz Pernia przegral rywalizacje o miejsce na lewej obronie z Hiszpanem Antonio Lopezem, to jednak mimo ofery z Deportivo postanowil pozostac na Vicente Calderon i nadal walczyc z Antonio Lopezem o prymat na lewej stronie obrony. Poczatek nowego sezonu zwiastuje lepsze czasy dla Pernii, bowiem to na niego stawia Javier Aguirre.